Saat ketegangan antara dunia sihir dan Academy City terus meningkat, Touma Kamijou dan tangan penangkalnya harus berhadapan dengan esper dan penyihir untuk melindungi kehidupan orang-orang di sekitarnya. Tentu saja, dia tidak sendirian dalam pertarungannya; baik di sisinya atau tidak terlihat, sekutu dan musuh lama maupun baru akan ikut campur untuk membantunya.
Toaru Majutsu no Index II melanjutkan kisah aksi dan komedi, saat skala pertempuran Touma dan sekutunya semakin membesar. Konflik perlahan muncul di cakrawala, dan sihir dan sains akan kembali bertemu dalam perang yang akan datang.
