Soul Translator adalah antarmuka selam penuh tercanggih yang berinteraksi dengan Fluctlight pengguna—teknologi yang setara dengan jiwa manusia—dan pada dasarnya berbeda dari metode ortodoks dalam mengirimkan sinyal ke otak. Lembaga swasta Rath bertujuan untuk menyempurnakan kreasi mereka dengan meminta bantuan Kazuto Kirigaya yang selamat dari Sword Art Online. Dia bekerja di sana sebagai karyawan paruh waktu untuk menguji kemampuan sistem di Dunia Bawah: alam fantastik yang dihasilkan oleh Penerjemah Jiwa. Sesuai kontrak kerahasiaan, semua kenangan yang dibuat oleh mesin di dunia virtual akan dihapus saat kembali ke dunia nyata. Kazuto hanya bisa samar-samar mengingat satu nama, Alice, yang menimbulkan rasa tidak nyaman ketika disebutkan dalam kenyataan.
Saat Kazuto mengantar Asuna Yuuki pulang suatu malam, mereka bertemu dengan musuh yang sudah dikenalnya. Kazuto terluka parah dalam pertarungan berikutnya dan kehilangan kesadaran. Ketika dia sadar, dia menemukan bahwa dia telah melakukan penyelaman penuh ke Dunia Bawah tanpa ada cara untuk melarikan diri. Dia memulai sebuah pencarian, mencari jalan kembali ke dunia fisik sekali lagi.
