Pertarungan terakhir melawan Wilayah Kegelapan berlanjut, saat pemain dari seluruh dunia membanjiri server Dunia Bawah dan menjerumuskan Kerajaan Manusia ke dalam kekacauan total. Asuna Yuuki dan teman-temannya membela sekutu baru mereka dengan segala yang mereka miliki, namun jumlah mereka semakin berkurang. Sementara itu, Alice Zuberg menuju Altar Ujung Dunia sementara Gabriel "Vecta" Miller tanpa henti mengejarnya.
Sementara itu, anggota Rath menyusun strategi dalam upaya memulihkan fluctlight Kirito yang rusak. Namun, penyusup yang menempati ruang kendali utama punya rencana lain. Dikelilingi oleh kematian dan keputusasaan, ketika semua harapan tampaknya hilang, satu suara menjangkau Kirito—suara familiar yang mengatakan, "Aku akan selalu berada di sisimu."
Sword Art Online: Alicization – War of Underworld Musim ke-2 adalah akhir epik dari impian Akihiko Kayaba untuk menciptakan kecerdasan manusia buatan. Sekarang terserah pada Kirito dan teman-temannya untuk melindungi dunia yang runtuh ini dari orang-orang yang masih menganggap ini hanyalah sebuah permainan.
