Pada awal abad ke-21, sihir, yang selama ini dianggap sebagai cerita rakyat dan dongeng, telah menjadi teknologi sistematis dan diajarkan sebagai keterampilan teknis. Di Sekolah Menengah Pertama, lembaga untuk para penyihir, siswa dipisahkan menjadi dua kelompok berdasarkan nilai ujian masuk mereka: “Blooms,” mereka yang memperoleh nilai tinggi, ditempatkan di Kelas Pertama, sementara “Weeds” adalah siswa cadangan yang ditempatkan di Kelas Kedua.
Mahouka Koukou no Rettousei mengikuti kisah saudara kandung, Tatsuya dan Miyuki Shiba, yang terdaftar di Sekolah Menengah Pertama. Setelah mengikuti ujian, Miyuki yang luar biasa ditempatkan di Kelas Pertama, sementara Tatsuya diturunkan ke Kelas Kedua. Meskipun nilai ujian praktiknya dan statusnya sebagai “Weed” menunjukkan bahwa dia tidak kompeten dalam hal sihir, dia memiliki pengetahuan teknis yang luar biasa, kemampuan bertarung fisik, dan teknik sihir yang unik—membuat Tatsuya menjadi orang yang tidak biasa di sekolah menengah sihir.
