Selama tiga tahun terakhir, Sekolah Menengah Teikou telah mendominasi kancah basket nasional dengan jajaran pemain legendarisnya: “Generasi Keajaiban.” Tim ini terdiri dari lima pemain ajaib yang unggul dalam olahraga tersebut, tetapi seorang “Phantom Sixth Man” mengintai di balik bayang-bayang dan membantu tim tersebut meraih status yang disegani. Akhirnya, pertumbuhan mereka yang luar biasa membuat mereka jenuh dengan olahraga yang mereka cintai dan membuat mereka berpisah di sekolah menengah atas.
Dalam upaya mencari anggota baru, tim basket Sekolah Menengah Atas Seirin merekrut Taiga Kagami dan Tetsuya Kuroko, dua mahasiswa baru yang tampaknya memiliki perbedaan kemampuan yang signifikan. Baru-baru ini kembali dari Amerika, Kagami memiliki bakat alami dan kecintaan yang tak kenal lelah terhadap olahraga tersebut. Sementara itu, Kuroko kurang memiliki penampilan dan tidak menunjukkan bakat atletik yang menonjol. Akan tetapi, kemudian terungkap bahwa ia adalah Phantom Sixth Man Teikou—pemain yang pernah menjadi bagian dari Generasi Keajaiban.
