Setelah kampung halaman mereka hancur, sahabat masa kecil Kafka Hibino dan Mina Ashiro membuat perjanjian untuk menjadi perwira di Angkatan Pertahanan—organisasi militer yang bertugas melindungi Jepang dari monster raksasa yang dikenal sebagai “kaijuu.” Puluhan tahun kemudian, Kafka yang berusia 32 tahun hampir menyerah pada impiannya untuk menjadi pahlawan. Sebagai gantinya, ia membersihkan sisa-sisa kaijuu yang dibantai setelah mereka dikalahkan oleh prajurit yang gagah berani—termasuk Mina, yang telah berhasil mencapai tujuan bersama mereka.
Saat bertemu dengan rekan kerja barunya, Reno Ichikawa, Kafka menghadapi cerminan dirinya di masa lalu: seorang pemuda ambisius yang satu-satunya keinginannya adalah bertarung sebagai anggota Angkatan Pertahanan. Sayangnya, keduanya segera terlibat dalam pertemuan aneh dengan kaijuu nakal. Meskipun Kafka menunjukkan sifat heroik bawaannya dan menyelamatkan Reno dari malapetaka, ia terluka parah.
