Setelah kebakaran misterius membunuh keluarganya, Shirou diselamatkan dan diadopsi oleh Kiritsugu Emiya, yang mengajarinya ilmu sihir dan keadilan.
Suatu malam, beberapa tahun setelah kematian Kiritsugu, Shirou sedang membersihkan sekolah, ketika ia menemukan dirinya terjebak di tengah-tengah pertemuan mematikan antara dua manusia super yang dikenal sebagai Servant. Selama upayanya untuk melarikan diri, anak laki-laki itu ditangkap oleh salah satu Servant dan menerima cedera yang mengancam jiwa. Secara ajaib, ia selamat, tetapi Servant yang sama kembali untuk menyelesaikan apa yang telah ia mulai. Dalam keputusasaan, Shirou memanggil Servant miliknya sendiri, seorang kesatria bernama Saber. Keduanya sekarang harus berpartisipasi dalam Perang Cawan Suci Kelima, sebuah pertempuran kerajaan antara tujuh Servant dan para penyihir yang memanggil mereka, dengan hadiah utama tidak lain adalah Cawan Suci yang mahakuasa itu sendiri.
Fate/stay night mengikuti Shirou saat ia berjuang untuk menemukan garis tipis antara pahlawan dan pembunuh, cita-citanya berbenturan dengan kenyataan pahit di sekitarnya. Akankah anak laki-laki itu menjadi pahlawan seperti ayah angkatnya, atau mati saat mencobanya?
