Saat tragedi akan terjadi, Satoru Fujinuma mendapati dirinya terlempar kembali beberapa menit sebelum kecelakaan itu terjadi. Seniman manga berusia 29 tahun yang tidak peduli ini telah memanfaatkan fenomena yang kuat namun misterius ini, yang disebutnya “Kebangkitan”, untuk menyelamatkan banyak nyawa.
Namun, saat ia dituduh membunuh seseorang yang dekat dengannya, Satoru terlempar kembali ke masa lalu sekali lagi, tetapi kali ini ke tahun 1988, 18 tahun yang lalu. Tak lama kemudian, ia menyadari bahwa pembunuhan itu mungkin terkait dengan penculikan dan pembunuhan salah satu teman sekelasnya, Kayo Hinazuki yang penyendiri dan misterius, yang terjadi saat ia masih kecil. Ini adalah kesempatannya untuk memperbaiki keadaan.
Boku dake ga Inai Machi mengikuti Satoru dalam misinya untuk mengungkap apa yang sebenarnya terjadi 18 tahun lalu dan mencegah kematian teman sekelasnya sambil melindungi orang-orang yang ia sayangi di masa sekarang.
