Dua tahun telah berlalu sejak penyerbuan CCG di Anteiku. Meskipun suasana di Tokyo telah berubah drastis karena meningkatnya pengaruh CCG, para ghoul terus menimbulkan masalah karena mereka mulai bersikap hati-hati, terutama organisasi teroris Aogiri Tree, yang menyadari meningkatnya ancaman CCG terhadap keberadaan mereka.
Pembentukan tim khusus, yang dikenal sebagai Quinx Squad, dapat memberi CCG dorongan yang mereka butuhkan untuk membasmi penduduk Tokyo yang tidak diinginkan. Sebagai manusia yang telah menjalani operasi untuk memanfaatkan kemampuan khusus ghoul, mereka berpartisipasi dalam operasi untuk membasmi makhluk berbahaya tersebut. Pemimpin kelompok ini, Haise Sasaki, adalah seorang setengah ghoul, setengah manusia yang telah dilatih oleh penyelidik kelas khusus yang terkenal, Kishou Arima. Namun, ada lebih banyak hal tentang pemuda ini daripada yang terlihat, karena kenangan yang tidak diketahui mencakar pikirannya, perlahan-lahan mengingatkannya pada orang yang dulu.
