Kehidupan setelah mengikuti Ujian Khusus Pulau tidaklah mulus. Hampir segera setelah mereka kembali, siswa tahun pertama Tokyo Metropolitan Advanced Nurturing High School menghadapi ujian khusus lagi, yang mempertaruhkan poin kelas dan individu.
Selain aturan yang rumit, lebih banyak masalah muncul dalam diri Kakeru Ryuuen dan Kei Karuizawa. Marah dengan hasil ujian sebelumnya, Ryuuen bertekad untuk mengalahkan setiap kelas dalam tantangan baru dengan segala cara yang diperlukan. Sementara itu, Karuizawa, pilar penting Kelas D, hampir runtuh karena tekanan masa lalunya.
Kini panggung telah disiapkan bagi Kiyotaka Ayanokouji untuk sekali lagi—menggunakan seluruh perencanaan, pandangan ke depan, dan manipulasi kejamnya—mengarahkan Kelas D menuju kemenangan saat pasukan musuh yang sangat dekat mencoba menjatuhkannya.
